Konie, ze swoją umiejętnością wykonania ok. 100 kroków na minutę, aplikują pacjentowi aż 1500 różnorodnych bodźców motorycznych w ciągu kwadransa. Te ruchy, przekazywane za pośrednictwem miednicy konia, wpływają na organizm człowieka zarówno pod względem fizycznym, jak i psychicznym. Terapeuta prowadzący zajęcia dobiera odpowiednie ruchy konia oraz pozycje pacjenta tak, aby osiągnąć wybrane cele terapeutyczne. Badania dowodzą, że hipoterapia poprawia między innymi napięcie mięśni, koordynację ruchową, posturę, elastyczność, wytrzymałość czy siłę. Może również łagodzić skurcze oraz poprawiać koordynację wzrokowo-ruchową.

Według literatury medycznej hipoterapia ma zdecydowanie pozytywny wpływ na wiele aspektów rozwoju człowieka, nie tylko fizycznego, ale również społecznego, kognitywnego i psychologicznego. Wspomaga proces nauki oraz adaptacji do nowych sytuacji. Znaczny jest też jej wpływ na empatię, koncentrację, poczucie własnej wartości i wrażliwość pacjenta.